به موجب آیین نامه تشخیص شرکت ها و موسسات دانش بنیان ،شرکت های دانش بنیان ،موسسات خصوصی یا تعاونی هستند که به منظور افزایش علم و ثروت ، توسعه اقتصادی بر پایه دانش و تحقق اهداف علمی و اقتصادی در راستای گسترش اختراع و نوآوری و در نهایت تجاری سازی نتایج تحقیق و توسعه ( شامل طراحی و تولید کالا و خدمات ) در حوزه فناوری های برتر و با ارزش افزوده فراوان ( به ویژه در تولید نرم افزارهای مربوط ) تشکیل می شود.
طبق آیین نامه مصوب،شرکت های دانش بنیان ،اهدافی نظیر ، ترغیب هیئت علمی دانشگاه ها و واحدهای ‌پژوهشی برای فعالیت های بیشتر در رفع نیاز جامعه و امکان افزایش درآمد اعضای هیئت علمی، تجاری سازی یافته های  ‌پژوهشی، افزایش درآمدهای اختصاصی دانشگاه ها و واحدهای ‌پژوهشی موضوع کلی فعالیت دانش بنیان را دنبال می کنند.

    انواع شرکت های دانش بنیان:

الف-شرکت هایی که فقط اعضای هیات علمی مالک آن هستند.
چنانچه سهام دانشگاه کمتر از  50 درصد باشد،شرکت دانش بنیان شرکتی خصوصی است که باید تابع قانون تجارت باشد و در اداره  ثبت شرکت ها ثبت شود.
ب-شرکت هایی که دانشگاه ها نیز در آن مالکیت دارند.
چنانچه سهام دانشگاه 50% یا بیشتر باشد،شرکت دانش بنیان شرکتی دولتی است.(مهمترین اصل شرکت دانش بنیان دولتی ، اصل خدمات علمی ،فنی و تحقیقات می باشد).

    خصوصیات شرکت های دانش بنیان

شرکت های دانش بنیان،اساساَ کالا تولید نمی کنند و عموماَ،زمین یا ماشین آلات خاصی نیز ندارند.بلکه همیشه عده ای از افراد تحصیلکرده و با تجربه اطلاعاتی تولید می کنند که این اطلاعات ، محصولات اصلی شرکت محسوب شده و برایشان درآمدزایی دارد.بحث طرح های صنعتی و مالکیت معنوی محصولات ،همیشه از دغدغه های اصلی شرکت محسوب می شود که حفظ حقوق معنوی این اطلاعات ،یکی از مهم ترین مسائل حقوقی در شرکت های دانش بنیان می باشد،زیرا اصولاَ این دارایی ها قابل لمس نمی باشند.

    زمینه های فعالیت شرکت های دانش بنیان

1-انجام تحقیقات کاربردی
2-ارایه خدمات تخصصی و مشاوره ای (خدمات علمی و تحقیقاتی و فنی)
3-تولید محصولات یا فناوری نوین(توسعه فناوری)
4-انجام خدمات نظارتی بر تحقیقات پژوهشی،اجرایی و مشاوره ای
5- ارایه ی خدمات توسعه کار آفرینی
6-ایجاد مراکز رشد و خدمات ایجاد و توسعه ی کسب و کار
7-ارایه ی خدمات توسعه ی محصول جدید
8-ارایه ی خدمات ورود کسب و کاربه بازار بین المللی و جهانی کردن آن ها
9-برنامه ریزی و اجرای طرح های توسعه ی کارآفرینی در سطوح ملی ، منطقه ای و محلی

    حمایت های دولتی از شرکت های دانش بنیان

شرکت های دانش بنیان از حمایت های دولتی نظر معافیت از پرداخت مالیات ، عوارض حقوقی گمرکی و سود بازرگانی و عوارض مالیاتی به مدت 15 سال و همچنین اعطاء تسهیلات کم بهره (بلند مدت یا کوتاه مدت) و یا بی بهره برخوردار می باشند.

    شاخص های تشخیص شرکت های دانش بنیان

شاخص های تشخیص شرکت های دانش بنیان،به دو دسته شاخص های عمومی و اختصاصی تقسیم می شوند.شرکت های متقاضی باید علاوه بر شاخص های عمومی ،شرایط مشخص شده در یکی از سه دسته شاخص های اختصاصی را نیز احراز نمایند.
الف-شاخص های عمومی
حداقل دو سوم از اعضای هیات مدیره شرکت،حداقل دو مورد از شرایط ذیل را احراز کنند.
1-حداقل دارای مدرک کارشناسی باشند.
2-حداقل 3 سال سابقه فعالیت کاری یا علمی در حوزه فعالیت شرکت و یا سابقه مدیریتی داشته باشند.
3-دارای حداقل یک اختراع ثبت شده ارزیابی شده داخلی یا یک اختراع بین المللی مرتبط با حوزه کاری شرکت باشند.
4-حداقل نیمی از درآمد شرکت در یک سال مالی گذشته شرکت،ناشی از فروش فناوری،کالا و یا خدمات دانش بنیان(شامل خدمات تحقیق و توسعه و طراحی مهندسی مرتبط با فهرست کالاهای دانش بنیان و خدمات تخصصی دانش بنیان)آن شرکت از طریق قرارداد باشد.
تبصره:شرکت هایی که در مرحله تجاری سازی اولین کالای دانش بنیان خود هستند،در صورتی که دارای تولید پایلوت موفق باشند و استانداردهای لازم را از مراجع ذی صلاح داخلی یا بین المللی کسب کرده باشند،و دارای بازار مطمئن و یا اعلام نیاز معتبر همراه با قرارداد تولید کالا باشند،از رعایت بند 1-2 مستثنی هستند.
5-سابقه بیمه پرداختی برای حداقل 3 نفر از کارکنان تمام وقت شرکت،حداقل 6 ماه باشد.
ب-شاخص های اختصاصی
شرکت متقاضی باید علاوه بر دارا بودن شاخص های عمومی،واجد کلیه شرایط اختصاصی در یکی از دسته های ذیل نیز باشند:
1-شرکت های تولید کننده کالاهای دانش بنیان
2-شرکت باید تولید کننده کالا یا کالاهای دانش بنیان مطابق فهرست کالاهای دانش بنیان مصوب کارگروه باشد که در 2 سال گذشته آن ها را در قالب کالاهای جدید یا ارتقاء یافته عرضه کرده و دانش فنی آن را بواسطه انتقال یا ایجاد دانش فنی،از طریق فعالیت های تحقیق و توسعه،نهادینه

    معیارهای تشخیص محصولات دانش بنیان

طبق آیین نامه ،معیارهای سه گانه ی محصولات دانش بنیان نیز عبارت است از:
دارای پیجیدگی فنی بوده و تولید آن نیاز به تحقیق و توسعه ی هدفمند ،توسط یک تیم فنی خبره داشته باشد،در حوزه ی فناوری های بالا و متوسط به بالا باشد،همچنین  تحقیق و توسعه برای حفظ توان رقابتی آن محصول در بازار ، به صورت مداوم انجام شود و عمده ارزش افزوده ی آن کالا، خدمات ناشی از دانش فنی و ...نوآوری فناورانه باشد.
لذا بر اساس "آیین نامه ی تشخیص شرکت ها و موسسات دانش بنیان ، شرکت های متقاضی باید علاوه بر کسب شرایط ذکر شده در شاخص های عمومی ( شامل کسب حد اقل درآمد ذکر شده ی ناشی از فروش فناوری ،کالا و خدمات دانش بنیان،نیروی انسانی و سابقه ی بیمه ی کارکنان) ، کلیه ی شرایط مشخص شده در شاخص های اختصاصی این آیین نامه را  نیز احراز نماید.
بر اساس "آیین نامه ی تشخیص شرکت ها و موسسات دانش بنیان "مصوب کارگروه ارزیابی و تشخیص صلاحیت شرکت ها و موسسات دانش بنیان و نظارت بر اجرا"یکی از شرط های لازم برای شرکت های تولید کننده و دانش بنیان،تولید کالاهای دانش بنیان می باشد.طبق دو رویکرد،این محصولات مشخص شده است:
1)حوزه هایی که وجود کالاهای دانش بنیان و یا فناوری برتر در آنها وجه غالب را دارد و متوسط فعالیتهای تحقیق و توسعه درآن ها بیشتر از سایر حوزه های فناوری و صنعتی است.نظیر حوزه های فناوری زیستی(پزشکی،کشاورزی،صنعتی و محیط زیست)، فناوری نانو (محصولات و مواد) ،فوتونیک و اپیتک (موادقطعات و سامانه ها) ،فناوری اطلاعات و ارتباطات و نرم افزارهای کامپیوتری، انرژ‌ی های نو(هسته ای و تجدید پذیر) دارو، الکترونیک،مواد پیشرفته، ساخت و تولید پیشرفته و هوافضا (پرنده ها ، ماهوا ره ها و موشکها)
2)سایر حوزه ها و بخش هایی که وجود کالاهای دانش بنیان در آن ها غلبه ندارد ، اما رسوخ فناوری های برتر و ظهور محصولات دانش بنیان در آن ها مشاهده می شود. (نظیر نفت و گاز ،عمران و حمل و نقل، برق ، معدن کشاورزی ،آب و هوا)

    شرایط پذیرش طرح های حمایتی

شرایط پذیرش طرح های حمایتی به شرح ذیل می باشند.
تقویت اقتصاد ملی کشور، تقویت دفاع ملی کشور ،اشتغال زایی،  ارتقای سطح طرح ها از نمونه ی صنعتی و یا ارتقا سطح تکنولوژی ، ارتقا از نمونه ضمیمه ی صنعتی محصول به نمونه ی صنعتی و تولیدی طرح هایی که از پتانسیل لازم و توان بالقوه جهت تجاری سازی و رسیدن به فناوری برتر در جهت اشتغال زایی، کسب درآمد و ... برخوردار می باشند و حمایت  از شرکت های دانش بنیانی که در بخش R & D بتوانند سطح توانمندی، تولید و یا کیفیت محصول خود را جهت افزایش توان تولید و رقابت پذیری یا دیگر شرکت ها و تولید کنندگان خارجی ارتقا دهند و با به کارگیری نخبگان  ، گامی در جهت اشتغالزایی داشته باشند. لذا درباره ی امکان استفاده از مزایای قانونی در زمان ثبت شرکت ،نمی توان اظهار نظر کرد و ارزیابی بر مبنای عملکرد شرکت ها پس از ثبت و فعالیت شرکت انجام می شود.
شایان ذکر است،تمدید شرکت های دانش بنیان نوپا دارای اعتبار یک ساله بوده و تنها برای یک دوره یک ساله(مجموعاَ دو سال)می تواند تمدید شود.چنانچه شرکت نتواند در مدت 2 سال پس از تایید دانش بنیان بودن،رتبه بندی خود را به پایان برساند و یا در صورت عدول از شرایط مندرج در این آیین نامه در هر زمان دانش بنیان بودن شرکت ملغی می شود.